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甘祥超

甘祥超南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/生物信息中心高层次引进人才,教授,博士生导师

 

联系方式:

地址:理科南楼F202, 电话:025-84395637, email: gan@njau.edu.cn

 

欢迎计算机技术、电子信息技术、自动化、生物信息、人工智能、统计学等相关专业的学生报考生物信息的硕士研究生和博士研究生。欢迎以上专业博士生申请本课题组的博士后。

 

工作经历

2020.11 至今  南京农业大学 教授,博士生导师

 

2013.6 -2020.11研究员(PI), 德国马普育种研究所

研究方向 基因组组装及比较关联分析,结构性突变,大数据及人工智能

 

2009.1 - 2013. 6 博士后遗传学统计师,牛津大学惠尔康人类遗传研究中心&牛津大学植物学系

研究方向基因组组装及比较算法开发,  NGS 数据分析.

 

2007.1 - 2009.1博士后   伦敦国王大学计算机系

研究方向蛋白质结构预测,医疗影像


教育经历  

2001.9  2006.6  博士香港城市大学,信息工程,导师严洪教授

1998.9 - 2001.7  硕士西安交通大学,信息工程,导师谈正教授

1994.9 - 1998 .7 本科, 南京邮电大学 ,信息工程


科研方向

生物信息学算法开发

基因组组学及关联分析 GWAS

多组学分析

人工智能及模式识别在生物信息学中的应用

 

开发或指导开发的软件

a)  GALA (https://github.com/ganlab/gala) 无缺失染色体级别基因组组装软件
b)  网络资源及数据库(http://chi.mpipz.mpg.de)
c)  GEAN(https://github.com/baoxingsong/GEAN), 自然种群中基因突变序列分析及释软件
d)  Irisas (https://github.com/baoxingsong/Irisas), 用于关联分析的, 集成化的基因突变分析及注释软件
e)  BAMLINK (http://chi.mpipz.mpg.de/bamlink), 无参考序列基因组组装及拼接软件
f)  IMR-DENOM (http://chi.mpipz.mpg.de/imrdenom), 基于NGS 短序列数据的有参考序列的基因组比对软件.

科研成果

美国专利

1.       Gan, X., Liew, A.W.C., and Yan, H. (2010). Representation and Extraction of Bicluster from Data Arrays. US Patent US7849088, granted on Dec 7, 2010. 

代表性论文

2.       Song, X.,  Qing Sang, Q., Wang, H., Pei, H., Gan, X.*, Wang F.*, (2019) Complement genome annotation lift over using a weighted sequence alignment strategy. Frontiers in genetics, doi:10.3389/fgene.2019.01046. 

3.       Song, B., Mott R., Gan, X*. (2018) Recovery of novel association loci in Arabidopsis thaliana and Drosophila melanogaster through leveraging INDELs association and integrated burden test. PLOS Genetics. 14(10): e1007699 

4.       Gan, X.*, Hay A., Kwantes, M., Harberer, G., Hallab, A., Dello Ioio, R., Hofhuis, H., Pieper, B., Cartolano, M., Neumann, U.,  Nikolov, L. A.,  Song, B., Hajheidari, M., Briskine, R., Kougioumoutzi, E., Vlad, D., Broholm, S., Hein, J.,  Meksem, K.,  Lightfoot, D., Shimizu, K. K., Shimizu-Inatsugi, R., Imprialou, M.,  Kudrna, D., Wing, R., Sato, S., Huijser, P., Filatov, D., Mayer, K. F. X., Mott, R., Tsiantis, M. (2016) The Cardamine hirsuta genome highlights the pervasive role of transcription factors and tandem gene duplications in generating morphological diversity. Nature Plants, 2(11)

5.       The 1001 Genomes Consortium. (2016). 1,135 Genomes Reveal the Global Pattern of Polymorphism in Arabidopsis thaliana. Cell 166, 481-91.

6.       CONVERGE Consortium. (2015). Sparse whole-genome sequencing identifies two loci for major depressive disorder. Nature 523, 588-91.

7.       Gan, X., Stegle, O., Behr, J., Steffen, J.G., Drewe, P., Hildebrand, K.L., Lyngsoe, R., Schultheiss, S.J., Osborne, E.J., Sreedharan, V.T., Kahles, A., Bohnert, R., Jean, G., Derwent, P., Kersey, P., Belfield, E.J., Harberd, N.P., Kemen, E., Toomajian, C., Kover, P.X., Clark, R.M., Ratsch, G., and Mott, R. (2011). Multiple Reference Genomes and Transcriptomes for Arabidopsis ThalianaNature 477, 419-423.

 


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